目前丙型肝炎的诊断主要依据《丙型肝炎诊断（WS 213—2018）》，依据流行病学史、临床表现、生化学检查以及抗-HCV阳性结果做出临床诊断，并依据HCV RNA阳性结果做出确诊。对于确诊病例，根据明确的暴露时间、HCV RNA、抗-HCV阳性结果出现的时间顺序，以及肝组织学和影像学及其他辅助检查结果，可以区分为急性、慢性丙型肝炎及丙型肝炎肝硬化。其中实验室检测HCV RNA用于对HCV抗体检测阳性的样品及对高危人群样品筛查窗口期感染的确证，并作为抗病毒治疗疗效的判断指标，指导抗病毒治疗及疗效判定，检测方法包括逆转录PCR、荧光定量PCR等。